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多核CPU和GPU加速分子动力学模拟
林江宏 林锦贤 吕暾
计算机应用
2011, 31 (03):
843-847.
DOI: 10.3724/SP.J.1087.2011.00843
在多核中央处理器(CPU)—图形处理器(GPU)异构并行体系结构上，采用OpenMP和计算统一设备架构(CUDA)编程实现了基于AMBER力场的蛋白质分子动力学模拟程序。通过合理地将程序划分为CPU单线程、CPU多线程和GPU多线程执行部分，高效地利用了计算机的处理能力。性能测试结果表明，相对于优化后的CPU串行计算，多核CPU-GPU异构并行计算模型有强大的性能优势，特别是将占整个程序执行时间90%的作用力的计算移植到GPU上执行，获得了最高可达12倍的计算加速比。
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